[صفحه اصلی ]   [ English ]  
بخش‌های اصلی
معرفی انجمن::
فعالیت های انجمن::
اخبار رویدادها::
عضویت در انجمن::
اعضای هیئت مدیره::
مراکز مرتبط::
گالری تصاویر::
شرکت های عضو انجمن::
تماس با ما::
تسهیلات پایگاه::
کارگاه های آموزشی::
انتشارات انجمن::
معرفی کتاب::
غرفه کتاب انجمن::
تکمیل دانشنامه زیست فناوران::
مصوبات انجمن::
شاخه دانشجویی انجمن ::
test::
::
telegram
..
فرصت های شغلی


فراخوان جذب نیرو در شرکت مرکز ژنتیک و بیولوژی

فراخوان جذب نیرو در یک شرکت داروسازی
دریافت فایل اطلاعیه

..
انتشارات

انتشار خبرنامه انجمن شماره 48 پاییز 95AWT IMAGE

 انتشار خبرنامه انجمن شماره46 بهار 95AWT IMAGE

انتشار خبرنامه انجمن شماره تابستان 95

AWT IMAGE
AWT IMAGE
AWT IMAGE
AWT IMAGE

AWT IMAGE

  انتشار خبرنامه انجمن شماره تابستان 93
 
AWT IMAGE

انتشار خبرنامه انجمن بیوتکنولوژی شماره بهار 93
AWT IMAGE
انتشار خبرنامه انجمن بیوتکنولوژی شماره زمستان 92
 AWT IMAGE
انتشار خبرنامه انجمن بیوتکنولوژی شماره پاییز 92
AWT IMAGE
انتشار خبرنامه انجمن بیوتکنولوژی شماره تابستان 92
AWT IMAGE
انتشارخبرنامه انجمن بیوتکنولوژی شماره بها
ر92

AWT IMAGE
سفرنامه پروفسور کازو واتانابه به ایران
AWT IMAGE

انتشار خبرنامه انجمن بیوتکنولوژی
شماره زمستان
91
 AWT IMAGE
گزارش نشست تخصصی مهندسی ژنتیک و ایمنی زیستی
AWT IMAGE
انتشارخبرنامه انجمن بیوتکنولوژی شماره پاییز 91
AWT IMAGE
دریافت فایل خبرنامه

..
جستجو در پایگاه

جستجوی پیشرفته
..
همایش ها



دومین همایش بین المللی و دهمین همایش بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران در شهریورماه سال 1396

AWT IMAGE

..
دیدار با ریاست جمهوری
متن کامل سخنرانی دکتر محمود تولایی
در دیدار انجمن‌های علمی کشور با ریاست محترم جمهوری
AWT IMAGE
..
کمیسیون انجمن های علمی
کمیسیون انجمن‌های علمی کشور
..
مصاحبه
مصاحبه با دکتر بابک ناخدا
AWT IMAGE
گزارش سفر بازدید از فیلیپین

..
enemad
..
کانال تلگرام انجمن بیوتکنولوژی
..
:: برگزاری کارگاه شبیه سازی دینامیک مورخ 28 الی 30 آذر ماه 1397 ::
 | تاریخ ارسال: ۱۳۹۷/۹/۱۹ | 



بسمه تعالی


 
1
مقدمه و معرفی کاربردهای برنامه آموزشی :
 
یکی از بهترین روش­های موجود برای بررسی ساختار و رفتار مواد، شبیه­سازی رایانه­ای است. امروزه با پیشرفت فن­آوری رایانه­ها، به شبیه­سازی­هایی که برای محاسبه خواص مواد با استفاده از ساختار ذرات تشکیل­دهنده آن­ها انجام می­گیرد توجه ویژه­ای می­شود. از جمله مزایای روش­های شبیه­سازی می­توان به موارد زیر اشاره کرد: کاهش تعداد آزمایش­های لازم، صرفه­جویی در زمان و هزینه­های تحقیقاتی، درک بهتر مسائل ، آزمایش سریعتر فرضیه­ها و نظریه­های جدید و آزمایش­های ایمن و بدون مواد زائد و پسماند.
تکنیک­های تجربی فقط برای ترکیباتی که در شرایط موجود پایدار هستند به­کار می­روند. درحالی­که روش­های محاسباتی برای ترکیبات ناپایدار و حتی برای  ترکیب­هایی که هنوز ناشناخته­اند نیز قابل استفاده می­باشند.
شبیه­سازی­های دینامیک مولکولی اطلاعاتی در سطح میکروسکوپی (موقعیت و سرعت اتم­ها) تولید می­کنند. تبدیل این داده­ها به مقادیر ماکروسکوپی (فشار، انرژی ...) به­کمک مکانیک آماری انجام می­شود. در حقیقت، دینامیک مولکولی و مکانیک آماری مفاهیم میکروسکوپی و کمیت­های مشاهده پذیر ماکروسکوپی را به هم مرتبط می­سازند. در شبیه­سازی­های دینامیک مولکولی از قانون دوم نیوتن برای بررسی تحول زمانی سیستم­ها استفاده می­شود. در حقیقت، در روش­های شبیه­سازی دینامیک مولکولی با داشتن موقعیت­ها و سرعت­های اولیه، می­توان تحول زمانی سیستم را بررسی کرد. با انتگرالگیری از معادلات حرکت نیوتن یک مسیر  به­دست می­آید که چگونگی تغییر موقعیت، سرعت و شتاب ذرات را با زمان نشان می­دهد. در دینامیک مولکولی برای اندازه­گیری یک کمیت فیزیکی باید میانگین زمانی آن کمیت در مسیر سیستم محاسبه شود. هر کمیتی که بتوان آن را به موقعیت و سرعت اتم­ها مرتبط کرد را می­توان با استفاده از شبیه­سازی­های دینامیک مولکولی بدست آورد. با توجه به تعداد زیاد اتمها در سیستمهای زیستی، شبیه سازی دینامیک مولکولی روش بسیار با ارزشی برای مطالعه این سیستمها می باشد.
2
سر فصل های کارگاه
1.      معرفی سیستم عامل لینوکس
2.      اجرای دستورات پر کاربرد لینوکس
3.      اهمیت و جایگاه شبیه سازی دینامیک مولکولی
4.      آشنایی با مبانی نظری دینامیک مولکولی
5.      آموزش نصب نرم افزار GROMACS
6.      انواع میدان نیرو،نحوه انتخاب میدان نیرو و آشنایی با فایل­های سازنده یک میدان نیروی نوعی
7.      آماده‏ سازی فایل‏های ورودی‏ برای استفاده در GROMACS
8.      بررسی شرایط انجام شبیه­سازی (دما، فشار، زمان، ...) و انجام تنظیمات اولیه
9.      آشنایی با محیط نرم افزار GROMACS  و بخش­های مختلف آن
10. انجام شبیه­سازی دینامیک مولکولی یک سیستم ساده زیستی (پروتئین) و یک سیستم کمپلکس (پروتئین - لیگاند) :
            الف. ایجاد جعبه شبیه­سازی برای ساختار مورد نظر و حلال­پوشی آن
            ب. حداقل­رسانی انرژی، تعادل رسانی ساختار مورد مطالعه، بررسی خواص کنترلی و نمونه برداری
           ج.  استفاده از ابزارهای کمکی برای ایجاد فایلهای ساختاری و توپولوژی برای لیگاندها
11. تجزیه و تحلیل نتایج حاصل از شبیه­سازی دینامیک مولکولی  
12.و فایل­های ساختاری مرتبط با ساختار مورد مطالعه   آشنایی با نرم افزار کمکی VMD  جهت بررسی شماتیک فایل مسیر (trajectory )
هدف کلی:
ایجاد توانایی در مخاطبان به منظور استفاده از تکنیک دینامیک مولکولی، آشنایی با انواع کاربردهای دینامیک مولکولی، ایجاد توانایی در مخاطبان جهت شبیه سازی سیستم های زیستی ساده و پیچیده، توانایی در شناسایی انواع خطاها و رفع موانع در هنگام اجرای برنامه، توانایی در آنالیز و تفسیر نتایج دینامیک مولکولی.
 
برگزار کننده 
انستیتو پاستور ایران

تاریخ برگزاری : 28 الی 30 آذر 97

محل برگزاری : انستیتو پاستور ایران  

تلفن ثبت نام  09373515188

شماره تلگرام و واتس آپ : 09373515188

 
 

 
  
تسهیلات مطلب
سایر مطالب این بخش سایر مطالب این بخش
نسخه قابل چاپ نسخه قابل چاپ
ارسال به دوستان ارسال به دوستان


CAPTCHA code
::
دفعات مشاهده: 1418 بار   |   دفعات چاپ: 38 بار   |   دفعات ارسال به دیگران: 0 بار   |   0 نظر
انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران Iranian Biotechnology Society
Persian site map - English site map - Created in 0.07 seconds with 56 queries by YEKTAWEB 3862